iLAP. Gestione dei dati di laboratorio, analisi e sviluppo del protocollo
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gestione dati gestione analisi dati Sviluppo del protocollo analisi dei dati

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Gestione dei dati di laboratorio, analisi e sviluppo del protocollo Sia la microscopia quantitativa che ad alta velocità di confronto gli scienziati con la sfida scoraggiante di conservare i dati eterogenei in modo strutturato e organizzato. Tra le soluzioni di gestione dei dati disponibili non vi è alcun sistema intuitivamente utilizzabile che copre il flusso di lavoro completo degli esperimenti di microscopia. Pertanto abbiamo sviluppato l'applicazione Web ILAP (la gestione dei dati di laboratorio, la gestione dei dati, l'analisi e lo sviluppo del protocollo) che combina lo sviluppo del protocollo sperimentale, l'acquisizione dei dati basata sulla procedura guidata e l'analisi dei dati di alto throughput in un singolo sistema integrato. Una caratteristica univoca del software ILAP è che supporta la fase di progettazione sperimentale. I protocolli di lavoro che gli scienziati si sviluppano per gli esperimenti di laboratorio bagnati possono essere memorizzati e modificati all'interno di ILAP. Alla fine, questi protocolli portano all'acquisizione dei dati dell'immagine. ILAP quindi fornisce una procedura guidata di acquisizione dati per assistere lo scienziato nell'associazione dei dati di immagine acquisiti con passaggi nel protocollo. Le iniziative di standardizzazione, come il pesca di pesca per l'ibridazione di fluorescenza del DNA, possono essere supportate applicando l'input dei parametri richiesti durante questa acquisizione dei dati. Ulteriore elaborazione e analisi dei dati di immagine raw possono essere eseguiti con moduli di analisi sviluppati specificamente all'interno di ILAP o con programmi di terze parti esterne. Le interessanti osservazioni visive possono essere documentate come note in qualsiasi luogo. Abbiamo realizzato ILAP come applicazione di business a tre livelli standard utilizzando le tecnologie software Jee (Java piattaforma Java, Enterprise Edition 5). A causa di questa architettura software flessibile, siamo stati in grado di sviluppare un'interfaccia Web intuitiva e un'interfaccia di programmazione basata su un sapone generico (semplice protocollo di accesso agli oggetti). Questa interfaccia di programmazione indipendente della piattaforma consente applicazioni di elaborazione delle immagini esterne come Imagej per accedere ai file memorizzati in ILAP. Attività computazionalmente intensive come la deconvoluzione tridimensionale delle pile di immagini sono distribuite in modo trasparente sull'infrastruttura di calcolo ad alte prestazioni e i risultati sono memorizzati all'interno del sistema di gestione del database relazionale sottostante. Questi risultati sono automaticamente associati con i dati dell'esperimento originali. Per facilitare la facilità d'uso, questa complessità della gestione dei dati e dell'infrastruttura IT è completamente nascosta dall'utente.ILap è un progetto open source che è liberamente disponibile per la comunità di microscopia. È stato testato ampiamente nella nostra struttura di microscopia interna e il feedback continuo degli utenti ha portato a miglioramenti in funzionalità, usabilità e reattività. Una virtù distintiva di ILAP è che conduce intrinsecamente alla registrazione strutturata di esperimenti, conservando il completo contesto sperimentale dei record di dati in tutta la storia del progetto di ricerca. Requisiti: · Ambiente di runtime di Edizione standard Java 2 Cosa c'è di nuovo in questa versione: · Usabilità migliorata e bugfixing · Anteprima Matrice per tutti i file collegati a esperimenti, progetti e passaggi di analisi · BigPreview per i file nella finestra popup · Confronto dei protocolli · Bug critico fisso nell'ersermanagement del genoma

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