Peptide :: pubmed. Peptide :: PubMed è un modulo Perl che può estrarre sequenze peptidiche dagli abstract di articoli Medline.
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Peptide :: PubMed è un modulo Perl che può estrarre sequenze peptidiche dagli abstract di articoli Medline. Peptide :: PubMed è un modulo Perl che può estrarre sequenze peptidiche da Abstract Articolo Medline.Synopsis utilizzare il peptide :: pubmed; $ parser = peptide :: pubmed-> nuovo; $ IN = {PMID => Q , Autore => Q , Journal => Q , Titolo => Q , Astratto => q , Mesh => Q , chimica => q ,};; $ parser-> parse_abstract ($ IN); # Ottieni le sequenze del peptidge in 1 simboli di lettera (seleziona tutte le parole in cui la parola # combinata / punteggio astratto è sopra la soglia: # wordabstscore> = wordabstscoremin): @seqs = $ parser-> get_seqs; Stampa "@seqsn"; # Stampe: 'Eyhhynk rgd'examples # come sopra, impostare la soglia esplicitamente: $ parser-> wordabstamsscoremin (0.4); @seqs = $ parser-> get_seqs; # Imposta la soglia bassa per ottenere più sequenze di peptidica (ma al costo di ottenere # più falsi positivi) $ parser-> wordabstscoremin (-1); @seqs = $ parser-> get_seqs; Stampa "@seqsn"; # Stampe: 'Eyhhynk RGD AccCGTNA VEGFRI' # Reset Soglia indietro: $ parser-> wordabstscoremin (0.4); # Ottieni più dati per l'abstract: $ ABST = $ parser-> get_abst; Stampa "$ Abst -> {AbSTScore} n"; # Punteggio astratto, nella stampa Intervallo "$ Abst -> {abstmtext} n"; # Astratto con sequenze contrassegnate: # 'Sequenze peptidiche Eyhhynk e Arg-Gly-Asp, # ma non acccgtna o vegfri.' # Ottieni più dati per le parole, oltre alle sequenze peptidiche: @words = $ parser-> get_words; per il mio $ Word (@Words) {# # Punteggio combinato / Punteggio astratto, nella stampa Intervallo "$ Word -> {wordabstscore} n"; # parola come si trova nell'astratto, ad esempio 'Arg-Gly-Asp,' Stampa "$ Word -> {worerorig} n"; # Sequenza peptidica in simboli di 1 lettera, ad es. "RGD" Stampa "$ Word -> {wordquesequence} n"; } # Non ci sono campi di input obbligatori. Anche questo funzionerà, ma può dare un punteggio più basso. $ in = {abstract => q ,}; $ parser-> parse_abstract ($ IN); @words = $ parser-> get_words; # Nessuna sequenza di peptidi si trova in ingresso vuoto: $ in = undef; $ parser-> parse_abstract ($ IN); @words = $ parser-> get_words; Requisiti: · Perl.

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