Neobio. Il progetto Neobio è costituito da algoritmi di bioinformatica in Java.
Scarica ora

Neobio. Classifica e riepilogo

Neobio. Tag

algoritmi biologia algoritmi biologia Algoritmi di allineamento Programmazione dinamica Neobio.

Neobio. Descrizione

Il progetto Neobio è costituito da algoritmi di bioinformatici in Java. Il progetto Neobio è costituito da algoritmi di bioinformatica in Java. Quali algoritmi? La versione attuale è costituita principalmente da algoritmi di allineamento della sequenza (a coppie) come i metodi di programmazione dinamica classica di Needleman e Wunsch (allineamento globale) e Smith e Waterman (allineamento locale). Tutto altro? Sì, è disponibile un approccio più efficiente, a causa di crochemore, LANDAU e ZIV-UKELSON. Utilizza la compressione di Lempel-Ziv per accelerare il calcolo della matrice di programmazione dinamica. Si basa anche sull'algoritmo SMAWK, a causa dell'agarwal et al., Che calcola tutta la colonna Maxima di una matrice totalmente monotonale in time lineare. ... e tutti gli algoritmi di allineamento della sequenza supportano semplici schemi di punteggio e matrici di sostituzione come standard Matrici Bluso e Pam. Ma fino ad ora supportano solo le funzioni di penalità di gap costanti. Le versioni future possono contenere algoritmi correlati come allineamento di sequenze multiple, ricerca del database e previsione della struttura della proteina. Dai ... Ultimo ma non meno importante, Neobio fornisce anche un semplice GUI e strumenti basati sulla riga di comando per eseguire gli algoritmi di allineamento della sequenza sulle sequenze di DNA e proteine .

Neobio. Software correlato