Dawgpaws. Una suite di programmi di riga di comando scritta in Perl che accelera annotazione di geni e elementi trasponibili nei genomi vegetali
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Dawgpaws. Classifica e riepilogo

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annotazione gene Annotazione genica elementi trasponibili pianta pianta trasponibile

Dawgpaws. Descrizione

Una suite di programmi da linea di comando scritto in Perl che accelera l'annotazione dei geni ed elementi trasponibili nei genomi delle piante Gli script della suite DAWGPAWS sono progettati per facilitare la generazione ad alta produttività di risultati computazionali per entrambi geneDAWGPAWS è una suite di script scritti in Perl che sono disegnate per assistere un gruppo distribuito di lavoro Annotazione (DAWG) nella sequenza di annotazioni BAC dimensioni contigs. Dal momento che questa suite di software è stato inizialmente scritto per annotare campionatura casuale BAC di grano, si riferisce a come una conduttura per Annoate grano Sequnces (PAWS). Sebbene questi programmi sono stati inizialmente progettati per il frumento, gli script possono essere applicati a quasi qualsiasi script pipeline.The sequenza annoation eucariotiche nella suite DAWGPAWS sono progettati per facilitare elevata generazione throughput risultati computazionali sia per l'annotazione genica e trasponibile elemento annotation utilizzando un numero di programmi anotation sequenza esistente. Questi risultati vengono convertiti dalla uscita nativo dei singoli programmi di annotazione nel formato di file GFF standard. Dal momento che un file GFF è un file di testo delmited scheda semplice, più risultati computazionali per una singola sequenza possono essere facilmente concatenati insieme utilizzando gli strumenti di testo maninpulation standard come il gatto; la prova che i gatti e Dawgs possono giocare bene insieme. DAWGPAWS fornisce strumenti aggiuntivi per facilitare usando l'Curation strumento Apollo annotazione genomica per la visualizzazione e curation del results.Usage computazionale di DAWGPAWS è attraverso una serie di programmi linea di comando. Un'interfaccia a riga di comando è stata scelta in quanto questi programmi di solito essere eseguiti da remoto su macchine ad alta preformance che eseguono una qualche versione del sistema operativo Unix / Linux. Dal momento che un inteface riga di comando è stato scritto per tutti i programmi, senza particolari conoscenze di Perl è necessario per utilizzare questa suite. Tuttavia, dal momento che alcuni degli script Perl si basano su moduli Perl esterni, una conoscenza di Perl sarà utile durante l'installazione DAWGPAWS.How Cite DAWGPAWSA manoscritto è stato presentato che descrive il programma DAWGPAWS. Fino a quando questo lavoro sia pubblicato, si prega di consultare il sito di SourceForge DAWGPAWS quando si descrive l'utilizzo di questo program.JC Estill e JL Bennetzen. 2009. Il DAWGPAWS Pipeline per l'annotazione di geni e elementi trasponibili in pianta genomi. annotazione ProgramsDAWGPAWS include gli script di lavorare con testimonianze di calcolo dei seguenti programmi autonomi e siti web. È possibile ottenere informazioni relative ai seguenti programmi, facendo clic sul nome del programma di annotazione, e si può ottenere la documentazione per lo script DAWGPAWS facendo clic sul nome dello script. Per informazioni dettagliate sull'installazione e l'utilizzo di questi programmi, vedere i programmi di annotazione DAWGPAWS manual.These non sono inclusi nel programma DAWGPAWS e devono essere installati separatamente. Qui ci sono alcune caratteristiche chiave di "DAWGPAWS": · FASTA manipolazione dei file per preparare le sequenze per il gasdotto di annotazione · Annotazione di lacune nelle assemblee sequenza · L'esecuzione di programmi ab initio gene anotation e trasponibili elemento di annotazione in un alto rendimento oleodotto · Gasdotto BLAST adatto per l'uso in un quadro di calcolo del cluster · Conversione di uscita dal software di annotazione per il formato di file comune GFF · Conversione di file GFF nel formato Game.xml La Guida è disponibile in tutti i programmi da linea di comando che usano le bandiere della riga di comando. informazioni Guida e file completamente manuali sono ancora in fase di sviluppo per alcuni programmi. Per accedere alla guida in cui progname è il nome del programma individuale: · Progname --usage · Generare un messaggio di uso di base con informazioni sugli argomenti richiesti · Progname --help · Generare un più ampio messaggio di aiuto che comprende argomenti richiesti e tutte le opzioni · Progname --man · Visualizzare il manuale completo per il programma · Le pagine di manuale per i singoli programmi sono disponibili sul sito web DAWGPAWS e sono compresi nella release-1.0 scaricare della suite DAWGPAWS. Requisiti: · Perl.

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