Chimica :: reazione reazioni chimiche esplicite
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Chimica :: reazione Descrizione

Reazioni chimiche esplicite La chimica :: Modulo di reazione, insieme alla chimica :: Pattern, fornisce un'implementazione di reazioni chimiche esplicite. Una reazione chimica esplicita è una rappresentazione della trasformazione che si svolge in una determinata reazione chimica. In una reazione chimica esplicita, una molecola di substrato viene trasformata in una molecola di prodotto rompendo le obbligazioni esistenti e creando nuove obbligazioni tra gli atomi. La rappresentazione di una reazione chimica esplicita è una molecola in cui si distingue l'ordine di un legame prima che la reazione chimica sia distinta la reazione chimica l'ordine del legame dopo la reazione chimica. Pertanto, la rottura di un legame esistente è rappresentata da una delle seguenti coppie prima / dopo le coppie: 3/2, 2/1, 1/0 (rottura di un singolo legame o ridurre l'ordine per uno) 3/1, 2/0 (rottura di un doppio legame o ridurre l'ordine per due) 3/0 (rottura di un triplo legame) La creazione di un nuovo legame è rappresentata da una delle seguenti opzioni prima / dopo coppie: 0/1, 1/2, 2 / 3 (Creazione di un singolo legame o aumento dell'ordine per uno) 0/2, 1/3 (creazione di un doppio legame o aumento dell'ordine per due) 0/3 (creazione di un triplo legame) Una reazione chimica esplicita $ reagire può essere avanti o indietro applicato una volta a una molecola $ M mol al primo sottografo di $ MOL trovato che è isomorfo al substrato o al prodotto di $ reagire: My $ sostituto = $ react-> substrato; se ($ SOSTE-> Abbina ($ MOL)) {$ react-> Forward ($ MOL, $ SOSTE-> ATOM_MAP); } Inoltre, una reazione chimica esplicita $ reagizione può essere inoltrata o invertire applicata una volta a una molecola $ M mol a ciascun sottogramma di $ MOL che è isomorfo al substrato o al prodotto di $ reagire: My $ SOSTE = $ react-> substrato; i miei @products; while ($ sostituto> match ($ mol)) {my $ new_mol = $ MOL-> clone; # Inizia da una molecola fresca my @map = $ SOSTE-> ATOM_MAP; # Traduci Mappa Atom sul clone my @m = mappa {$ new_mol-> by_id ($ _-> id)} @map; $ react-> avanti ($ new_mol, @m); spingere @products, $ new_mol; } Inoltre, una reazione chimica esplicita $ reagit può essere inoltrata o invertire applicata il più a lungo possibile a una molecola $ M mol al primo sottografo di $ M mol trovato che è isomorfo al substrato o al prodotto di $ reagire: My $ DOD = $ reagire -> substrato; while ($ sostituto> Match ($ MOL)) {$ react-> Forward ($ MOL, $ SOSTE-> ATOM_MAP); } Sinossi utilizza la chimica :: reazione; Usa chimica :: File :: Sorrisi; My $ S = Chimica :: Pattern-> Parse ('c = cc = c.c = c', formato => 'sorrisi'); my $ p = Chimica :: Pattern> parse ( 'C1 = CCCCC1', formato => 'sorrisi'); il mio% m; per la (my $ i = 1; $ i atomi; $ i ++) {$ m {$ s-> atomi ($ i)} = $ p-> atomi ($ i); } My $ r = Chimica :: Reaction-> new ($ s, p $, \% m); Requisiti: · Perl.

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