Bio :: Nexus :: Treesblock BIO :: NEXUS :: Treesblock è un modulo perl che rappresenta il blocco di alberi di un file Nexus.
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bloccare modulo Perl alberi File di Nexus. blocco ALBERI

Bio :: Nexus :: Treesblock Descrizione

BIO :: Nexus :: Treesblock è un modulo perl che rappresenta il blocco di alberi di un file nexus. Bio :: Nexus :: Treesblock è un modulo perl che rappresenta il blocco di alberi di un file di nexus.synopsis se ($ tipo = ~ / alberi / i) {$ block_object = New Bio :: Nexus :: Treesblock ($ BLOCK_TYPE, $ BLOCK , $ verbose); } Se un blocco nexus è un blocco di alberi, questo modulo analizza il blocco e memorizza i dati degli alberi.MethodsNew Titolo: Nuovo utilizzo: Block_Object = New Bio :: Nexus :: Treesblock ($ BLOCK_TYPE, $ comandi, $ Verbose); Funzione: crea un nuovo oggetto BIO :: Nexus :: Treesblockblock e legge automaticamente i ritorni del file: Bio :: Nexus :: Treesblock Object Object ARGS: Type (String), i comandi / commenti a Parse (array ref) e una bandiera verbosa (0 o 1; opzionale) Titolo del clone: Utilizzo clonatario: My $ NewBlock = $ BLOCK-> CLONE (); Funzione: clone A Block Object (Shallow) Returns: Block Object Arts: NOTESET_TRES Titolo: Set_trees Utilizzo: $ Block-> set_trees ($ alberi); Funzione: imposta l'elenco degli alberi (Bio :: Nexus :: Oggetti dell'albero) Ritorni: Nessuno ARGS: Ref to Array of Bio :: Nexus :: Tree ObjectionsAdd_tree Titolo: add_tree Uso: $ BLOCK-> Add_tree ($ Tree); Funzione: Aggiungere alberi (Bio :: Nexus :: Oggetto albero) Resi: Nessuno ARGS: A BIO :: Nexus :: Tree ObjecterAdd_tree_from_newick Titolo: add_tree_from_newick Uso: $ BLOCK-> Add_tree_from_newick ($ Newick_tree, $ Tree_Name); Funzione: aggiungi un albero (Bio :: Nexus :: Oggetto albero) Restituisce: nessuno args: una stringa di un albero in formato di newick e un nome per l'albero (scalari) Get_trees Titolo: Get_trees Utilizzo: $ Block-> Get_trees (); Funzione: Ottiene l'elenco degli alberi (BIO :: Nexus :: Oggetti dell'albero) e ritorna Ritorna: Ref to Array of Bio :: Nexus :: Oggetti dell'albero Args: nimbal_tree Titolo: Get_tree Utilizzo: $ Block-> Get_tree ($ Treename ); Funzione: ottiene il primo albero (BIO :: Nexus :: Oggetto albero) che corrisponde al nome dato o al primo albero se $ Treename non è specificato. Se nessun albero corrisponde, restituisce undef. Restituisce: A BIO :: Nexus :: Tree Object Arts: Tree Name o NomeeSet_Translate Titolo: Set_Translate Uso: $ BLOCK-> Set_Translate ($ Translate); Funzione: imposta l'hash di traduzioni per i nomi dei nomi dei nodi: nessuno args: hash di translatestranslato Titolo: Traduci Uso: $ self->> Traduci (NUM); Funzione: traduce un numero con il suo nome associato. Restituisce: Integer o String ARGS: Metodo intero: restituisce il nome associato al nome tradotto del numero. Se non riesce a trovare un'associazione, restituisce il numero.Reroot_tree Titolo: Reroot_tree Uso: $ BLOCK-> Reroot_tree ($ outgroup, $ root_position, $ Treename); Funzione: rettere un albero usando un OTU come nuovo outgroup. Restituisce: nessuno ARGS: Nome outgroup, la distanza prima della posizione di root e dell'albero Namereroot_all_trees Titolo: Reroot_all_trees Utilizzo: $ BLOCK-> Reroot_all_trees ($ outgroup, $ root_position); Funzione: retteresti tutti gli alberi nell'albero degli alberiblock. Utilizzare un OTU come nuovo Gruppo di outgroup: Nessuno ARGS: Nome di outgroup e posizione root RENAME_OTO Titolo: RENAME_OTO Utilizzo: $ BLOCK-> RENAME_OTO (% Traduzione); Funzione: Rinomina i nodi basati su una traduzione Resi di hash: nessuno args: hash contenente la traduzione (ad esempio {old_name => new_name}) Commenti: Nodi non inclusi nella traduzione Ish hash non sono il nome di translationSelect_otus: Select_otus Utilizzo: $ Nexus-> Select_otus (@Otounes ); Funzione: selezionare un sottoinsieme di OTUS Returns: un nuovo oggetto Nexus args: A Ref to Array di OTU NAMESSELECT_TREE Nome: Select_tree Utilizzo: $ Nexus-> Select_tree ($ Treename); Funzione: selezionare un albero ritorna: un nuovo oggetto Nexus args: un albero Nameslect_subtree Nome: Select_Subtree Utilizzo: $ Nexus-> Select_Subtree ($ Inodename); Funzione: Selezionare un sottostruttore Returns: un nuovo oggetto Nexus args: un nome di nodo interno per sottostruttura per essere selezionatoExclude_subtree Nome: Exclude_subtree Utilizzo: $ Nexus-> escludi_subtree ($ inodename); Funzione: Rimuovere un sottostruttore Returns: un nuovo oggetto Nexus args: un nodo interno per la sottostruttura per essere toxeeachals Nome: Uso equivale: $ nexus-> uguale ($ un altro); Funzione: confronta se due oggetti Nexus sono uguali rendimenti: boolean args: un requisito oggetto Nexus: · Perl.

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