Bio :: DB :: GFF :: Caratteristica BIO :: DB :: GFF :: Funzionalità è un segmento relativo identificato da un tipo di funzionalità.
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Bio :: DB :: GFF :: Caratteristica Classifica e riepilogo

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Bio :: DB :: GFF :: Caratteristica Descrizione

BIO :: DB :: GFF :: Funzione è un segmento relativo identificato da un tipo di funzionalità. BIO :: DB :: GFF :: Funzione è un segmento relativo identificato da una funzionalità Type.bioe ::db::GFFF ::Feature è un tratto di sequenza che corrisponde a una singola annotazione in un database GFF. Eredita da BIO :: DB :: GFF :: RELSSIGGIO ESCONO ESCLUSIONE DEI TUTTO IL SUPPORTO PER INDIRIZZO PRESENTATO DI QUESTA CLASSE E I SUOI ANCESTORI. Eredita anche da Bio :: SeqFeaturei e quindi ha il familiare start (), stop (), primary_tag () e posizione () metodi (IT implementa BIO :: LUCIMENTO anche, se necessario) .bio :: DB :: GFFS: : La funzione aggiunge nuovi metodi per recuperare il tipo, il Gruppo e altri Attributi GFF di annotazione. I tipi di annotazione sono rappresentati da BIO :: DB :: GFF :: Oggetti typename, una semplice classe che ha due metodi chiamati metodo () e sorgente (). Questi corrispondono al metodo e ai campi di origine di un file GFF. Gruppi di GFF. Servire il doppio scopo di dare l'annotazione un nome leggibile dall'uomo e fornire raggruppamenti di ordine superiore di subfatture in funzionalità. I gruppi restituiti da questo modulo sono oggetti del Bio :: DB :: GFF :: caevename class.bioe::db::GFF ::Feature eredita da e implementa i metodi astratti di Bio :: seqfeaturei, consentendolo di interoperare con Altri moduli Bioperl.Generalmente, non creerai o manipolare BIO :: DB :: GFF :: Funzionalità direttamente oggetti, ma utilizzare quelli restituiti da The Bio :: DB :: GFF :: RELAZIONE-> Caratteristiche () Metodo. Nota importante Informazioni su Start () VS END () Se le funzioni derivano da segmenti che utilizzano la relativa indirizzamento (che è il valore predefinito), quindi avviare () sarà inferiore a fine () se la funzione è sul filo di riferimento della sequenza di riferimento . Questo interrompe la conformità BIO :: conformità SEQI, ma è necessaria per evitare di avere le posizioni genomiche reali designate da Start () e Fine () swap luoghi quando cambiano punti di riferimento. Per evitare questo comportamento, chiamare $ segmento-> Absolute (1) prima del recupero caratteristiche da esso. Ciò costringerà tutto in coordinate assolute. Esempio: il mio segmento $ = $ db-> segmento ('cromosoma_i'); $ segmento-> Assoluto (1); My @Features = $ segmento-> Caratteristiche ("trascrizione"); Requisiti: · Perl.

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